一、办公室

负责本分局综合协调、公文处理、政务宣传及后勤服务管理等工作；负责上级重要决策、批示的督查督办工作；负责本分局年度部门预算编报工作；承担本分局日常财务开支报账与财务管理、固定资产、港口规费征收、引航收费的监督管理以及本港域引航站年度部门预算的初审工作；负责本分局党务、人事、党风廉政和精神文明建设以及工会、共青团、计生、治安综合治理等工作。

二、规划建设管理科

贯彻落实港口规划、建设与维护的相关政策、制度和标准规范；承担本港域港区、作业区控制性详细规划编制工作；负责本港域港口规划基础管理和实施工作；提出本港域水运基础设施建设年度计划、港口公益性基础设施建设项目前期工作年度计划和港口建设项目初步选址意见；承担本港域港口设施使用岸线申请材料的受理和现场核查工作；具体实施公共航道、锚地和防波堤的建设、养护、管理和权限范围内事项的许可以及航道行政执法工作；承担水运基本建设的监督、检查和行业管理以及行政执法工作；承担港口工程施工图审批和竣工初步验收以及市级立项的港口工程安全条件、工程设计审查审批和竣工验收工作；承担建设港口危险货物作业场所、实施卫生除害处理专用场所以及可能危及港口安全的采掘、爆破等活动的审批工作；负责本港域有关统计工作的汇总。

三、港政管理科

贯彻落实港口生产经营的相关政策、制度和标准规范，具体负责本港域港口经营的行政许可审批和监督管理工作；负责本港域港口规费的稽查工作；承担本港域港口疏港疏运、重点货物优先作业和通关便利化工作；负责本港域对外开放港口设施保安年度核验及监督管理工作；协调指导港口设施工程维护管理工作，督促港口设施所有人或经营人对港口设施进行维护。

四、安全监督科

贯彻落实安全生产的相关政策、制度和标准规范，具体负责本港域港口经营生产安全监督、检查工作；负责建立港口生产安全监管基础台账和现场监督检查工作等制度；负责本港域危险货物港口作业经营资质初步审核和危险货物港口作业的审批与现场监督检查工作；承担本港域港口公共突发事件应急预案的编制及相关演练工作；组织或参与本港域港口安全生产事故的调查和处理，协调处理本港域港口安全生产事故、突发性事件及抢险救灾工作；负责本港域港口安全生产从业人员的技术、业务培训、考核及企业安全文化建设等相关工作。

五、综合调度室

负责本港域港口生产调度指挥及生产船舶进出港靠离泊的统一调度管理工作；组织协调港口生产相关各方及突发性事件的应急处置和值班管理工作；承担本港域引航业务的监督和协调工作；参与协调国家重点物资、军事、抢险救灾、生产急需物资和国防建设急需物资等的港口运输工作；协助有关部门做好防风、防台、防汛等自然灾害性天气的防范与抗御工作，传达有关强风、台风、极端天气等信息和上级有关防汛、防风、防台工作指示。

上述5个内设机构，除钦州分局全部正式挂牌运作外，北海分局、防城港分局综合调度室暂不挂牌运作，综合调度室的职责由北海、防城港分局自行调整由其他科室承担。