负责协助拟订运河规划及相关法规；承担运河通航协调管理、综合调度、运河开发保护、运营管理；负责全区电子航道图制作和应用、运河港口岸线初审、水运统计分析、市场信用管理体系建设，协调运河通航规费征收等工作。具体承担全区江河海一体化调度职责。

设置11个内设机构：办公室、财务审计科、规划建设科、运河管理科、通航协调科、智慧调度中心、安全应急科、人事科、党委办公室（纪检监察室）、南宁运河中心、钦州运河中心。