负责协助拟订北部湾港的港区、作业区控制性详细规划、港口集疏运设施规划等，承担港口设施使用岸线和港口经营许可初审及港口运营服务、安全生产、应急保障、规费征收等工作。

设置9个内设机构：办公室、财务审计科、规划建设科、运营管理科（安全应急科）、人事科、党委办公室（纪检监察室）、钦州港口中心、北海港口中心、防城港港口中心。