负责为进出北部湾港和平陆运河的外籍船舶、申请引航的船舶和特定船舶提供引航服务。

设置10个内设机构：办公室、财务审计科、引航科、调度科、安全应急科、人事科、党委办公室（纪检监察室）、钦州港引航站、北海港引航站、防城港引航站。