承担辖区航道、航道设施的管养和应急抢通，负责船闸运行、通航协调；承担辖区商船、船用产品、水上设施等法定检验工作；指导地市航道业务和渔业船舶法定检验工作。

设置15个内设机构：办公室、财务审计科、航道航标科、科技信息科、设备和安全科、船舶建造检验科、船舶营运检验科、船用产品检验科、审图室、人事科、党委办公室（纪检监察室）、养护测绘中心、城区航道船检中心、藤县航道中心、昭平航道中心。